Luego de la ocupación alemana en la ciudad de Amsterdam, Otto Frank trasladó su empresa a una nueva sede que contaba con también con dependencias en el fondo, a las que llamaban "la casa de atras" (achterhuis). Cuando las deportaciones de judíos se fueron haciendo más frecuentes, Otto Frank comenzó a acondicionar esta casa de atras a modo de refugio donde poder ocultarse en caso de peligro. La familia completa se ocultó en el fondo, disimulando la entrada mediante una biblioteca. Una semana más tarde se unieron a ellos 4 personas más.
Las ocho personas convivieron encerrados en la casa, ayudados por unos pocos amigos que conocían el refugio y que les porporcionaban sustento, hasta que fueron delatados. Durante esta estadia Ana, una adolecente de 14 años, fue escribiendo en su diario sus vivencias, miedos, anelos, injusticias.
El diario fue encontrado y guardado por una amiga de la familia, quien lo guardó para entregárselo a Ana una vez fuese liberada, algo que nunca pudo producirse, siendo su padre el que lo recibiría y el que pelearía para conseguir su publicación.
La popularidad alcanzada por la publicación del diario de Ana Frank hizo que gran cantidad de visitantes llegaran al museo, que debió cerrar un par de veces para mantenimiento y ampliaciones.
El Museo Ana Frank se encuentra en Prinsengracht 263, próximo a la iglesia de Westerkerk, y si no fuera por la tristísima historia que lo dio a conocer el edificio pasaría totalmente inadvertido, opacado por otras construcciones más atractivas.
Actualmente recibe alrededor de un millón de visitantes al año, que se muestran especialmente conmovidos al visitar la "casa de atras", donde aún se conservan fotos y afiches que Ana pegara en las paredes, unas rayas que Otto iba haciendo en la pared para marcar el crecimiento de sus hijas, un mapa de Normandía donde Otto señalaba el avance de los aliados y, por supuesto, los facsímiles del diario de Ana, compuesto en realidad por varios cuadernos y muchas hojas sueltas. También se exhiben en el museo gran cantidad de objetos personales de la familia Frank y los demás compañeros de refugio. 
